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初心 协作贡献、共同成长、皆有所得。 团队结构 负责人1：周建国，主要负责计算平台、资金、文稿和监管 负责人2：王诗翔，主要负责项目管理、技术路线、部署运维 科学顾问：王海涛、罗鹏 产业顾问：赵飞 技术顾问：叶宁荣（深度学习与医学影像）、崔炎濡（基因编辑）、熊逸（生信）、刘尊鹏（ERV、生物学） 技术成员：张益浩、李申锁、李金辉、赵加栋 全日制研究生：谌泯均、蔡颖、李新、王琰、王春阳、舒晨阳 本科生：赵彦昆、阳钰熙 其他参与和学习成员：谭傑尹、张驰 Hiplot（ORG）协作者：李剑峰 以上只是对团队全部成员...

OncoHarmony Network is a dynamic collaborative platform dedicated to advancing the frontier of cancer immunotherapy. Bringing together diverse teams from leading universities and research institutions, our network is committed to the exploration, mining, and ...

针对团队项目成果的汇总整理。 数据库 TCCIA: https://shiny.hiplot.cn/TCCIA/ (http://shiny.zhoulab.ac.cn/TCCIA/, http://biotrainee.vip:18888/TCCIA/) UCSCXenaShiny V2: https://shiny.hiplot.cn/ucsc-xena-shiny/, GitHub repo, Tutorial Book (Tutorial Book copy) 计算流程 circrna-pipel...

作者：赵彦昆 什么是路由？ 路由描述的是 URL 与 UI 之间的映射关系，这种映射是单向的，即 URL 变化引起 UI 更新（无需刷新页面）。 route 和router区别 route就是一条路由，它将一个URL路径和一个函数进行映射，例如 /users -> getAllUsers() /users/count -> getUsersCount()，当访问 /users 的时候，会执行 getAllUsers() 函数；当访问 /users/count 的时候，会执行 getUsersCount...

全职学习时间：2 周 学习材料 R for Data Science Mastering Shiny 补充阅读 Shiny 开发学习路径 任务 利用 Shiny 模拟 TCCIA 做一个网站，有不同的页面，图，表，基本的交互，段落文字。 根据个人发挥，只要关键内容都有，无论美丑和多少。 （互联网）学习基本的 Git 使用。将任务 1 的代码提交到 gitea 上（自己创建仓库）。

全职学习时间：1-2 周 学习材料 Snakemake教程 补充阅读笔记 snakemake 教程精要 任务 阅读学习材料，并在本地或者利用免费的 GitPod在云端按照教程一步步学习和实践 snakemake 流程软件的操作与脚本的书写。 阅读补充材料了解 snakemake 需要掌握的重点内容，揣摩代码含义。 另外，自己网上检索，阅读和学习 Linux 账号的管理（账号创建、账号权限（sudo权限的了解和增加）、.bashrc文件与基本的 Shell 配置命令 ），并在自己本地的 L...

全职学习时间：2 周 学习材料 The Unix Workbench Learning-Markdown (Markdown 入门参考) 补充阅读 A Gentle Guide to the Grammar of Graphics with ggplot2 庄闪闪可视化手册 任务 自己搜索准备 Linux 本地环境：Windows 安装 Linux 子系统（Ubuntu），MacOS 下直接使用系统自带的终端。 阅读学习材料，根据 Linux Practice 提供的习题进行训练并完...

全职学习时间：1-4 周 学习材料 自身了解的一些对初学者有益的生物医学在线生物信息工具： Sandbox.bio 是一个生物信息学沙盒平台，允许用户在安全隔离的环境中运行生物信息学实验。它提供各种工具和资源，包括数据库、算法和工具包，可用于各种生物信息学任务，例如数据分析、模型构建和机器学习。 Hiplot (ORG) 是生物医学可视化分析模块池（包含280+分析插件），具有多功能任务插件，如基本统计、回归、聚类、基因组学、转录组学、时间序列、元分析和风险模型。与其他类似平台相比，它提供了更简单的Web和命...

团队开发和运维的 Shiny 应用。 Apps TCCIA: http://shiny.zhoulab.ac.cn/TCCIA UCSCXenaShiny: https://shiny.zhoulab.ac.cn/UCSCXenaShiny ImmunoFusion: http://shiny.zhoulab.ac.cn/ImmunoFusion/ (under development) Logs https://shiny.zhoulab.ac.cn/logs/

Shixiang Wang I am a computational biologist working on cancer genomics. I use bioinformatics skills to decode the unfound patterns in cancer, and explore biomarkers for explaining the cancer heterogeneity and predicting the efficacy of cancer treatments, main...

Jian-Guo Zhou I am a Deputy Chief Physician (Master Thesis Supervisor) of Zunyi Medical University. My research focus on how to improve the efficacy and reduce the adverse effect of cancer immunotherapy and radiation/chemotherapy, etc. Dr. Shixiang Wang and I ...

学习时间：自定义 学习材料 StatQuest 介绍了非常多统计和生信相关的理论知识，生动形象，大家可以根据自己的兴趣全面/有选择性地学习。如果自己有梯子能上外网可以上 Youtube 看，没有的话可以上 B 站。 Youtube: https://www.youtube.com/playlist?list=PLblh5JKOoLUIcdlgu78MnlATeyx4cEVeR B 站：https://space.bilibili.com/3546620985608836 阿里云：StatQuest ht...

临床指南 BEST 标志物研究

在处理 GTF 等基因注释数据（特别是非编码区域，如假基因）时发现 gene symbol 中存在点号，一般而言，这种是表示不同的版本，但奇怪的是不同的名字居然有不同的 ENSEMBL Gene ID。经过检索发现这些 ID 在 NCBI 中标记为 LOCUS，是序列的标志符。看下AI的解读： Locus 是一个在基因组中特定位置的标识, 可以对应一个基因，但也可以对应一个基因区域，或者其他的基因组元素。当我们说一个 locus，我们通常是在说基因组中一个具体的位置或区域。 AL450998 是一个基因组序列的标...

刚安装完成 miniconda3，就无法启动 Python $ which python ~/miniconda3/bin/python $ python Segmentation fault (core dumped) 可能是 locale 的设置问题： export LANGUAGE=UTF-8 export LC_ALL=en_US.UTF-8 export LANG=UTF-8 export LC_CTYPE=en_US.UTF-8 export LANG=en_US.UTF-8 export LC_C...

Shensuo Li I am a PhD student from Sichuan University, currently interested in researching the applications of machine learning in single-cell genomics. Scholar | Blog | GitHub

11月第二周（4-10） 本周工作小结 1、修改circRNA论文fig1，并画了Biomarkers and Therapeutic Targets这一部分的图片。 2、准备下周辩论赛相关材料。一起讨论并确定了论点，收集了部分有关资料和例子。 下周工作计划 1、继续修改circRNA figure。 2、继续准备辩论赛相关资料。并参加辩论赛。

Yanru Cui I am a researcher with a background in gene editing, molecular biology, and biomedical engineering, with extensive wet lab experience. My goal is to achieve the seamless translation of discoveries from fundamental research and bioengineering to clini...

本周工作小结 1、准备辩论赛，并参加2024中国整合肿瘤学大会。 下周工作计划 1、继续完成综述画图以及修改。预计修改fig1，fig2，再增加一到两张图。