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6月第二周6.9-6.15
6.9-6.15 这周学习了shiny的第22.23章，主要内容是一些保护 Shiny 应用的基础知识，精确测量和提升任何 Shiny 应用性能的工具。读了些文献，了解了一些IOBR肿瘤微环境的知识，期末周有点太忙了，等后面有时间了再多实践实践。
10月第2周（10.6-10.12）
本周工作总结 1.阅读了R包的书 2.整理了shiny第九期关于样式和主题的内容 3.阅读了关于starCAT的文献并制作ppt 下一步计划： 1.对IOBR包进行修改使其符合bioc提交的要求 2.回应IOBR相关的问题
6月第三周6.16-6.22
这周学习了TME去卷积的原理和方法等内容，了解了TME去卷积相关函数的参数以及含义，读了些文献
6月第四周6.23-6.29
这周学习了IOBR签名评分和相关表型的部分，主要内容为签名估计，结合得分数据和表型数据，识别与生存相关的特征，聚焦目标特征的分析，生存分析及可视化，时效性 ROC 曲线，批次相关性分析等。读了20篇左右文献，开始初步尝试在IOBR的基础上构建shiny可视化界面。
7月第二周（7.7-7.13）
1.工作总结：这周主要完成了shiny学习网站上的学习和实践，主要是前五课：对之前基础shiny的应用和回顾，读到了之前没有接触到的很关键的一部分，就是如何加载 R 脚本、软件包和数据集来创建更复杂的 Shiny 应用程序，关系到如何把数据，r包里面的函数和shiny界面结合在一起，之前对这个部分比较疑惑，同时里面的练习也对我掌握shiny的编写有很大帮助，加深了我对一些细节的理解。读了10几篇文献。 2.下一步计划：继续shiny网站的学习和实践，阅读gpsadb设计的源码，同时尝试使用具体的函数编写shiny程...
7月第一周6.30-7.6
6.30-7.6 这周主要学习了TME相互作用分析相关的内容，看了20多篇文献，这周帮我妹妹研究高考报考的事情，以及回家之后有点怠惰，自己有点放松过头了，没怎么进行实践。下一步的计划还是以实践为主吧，学习怎么把shiny应用到IOBR的函数上面。
7月第三周（7.14-7.20）
一.本周工作总结： 1.学习实践了shiny学习网站的第二部分的前9个小节，主要内容是针对具体例子的界面输入和输出以及反应式表达式，通过练习实践具体的例子，更加熟练的掌握书写代码的规范表达以及相应的格式，发现了自己很多的细节注意不到，比如逗号，还有代码的具体位置可能会导致重复操作（必须使用反应式表达式），但是针对这些练习只是针对具体例子的某一方面，不能让我去理解体会整体的布局（例子里面是基于已有的数据和背景，而没有系统的流程） 阅读了GPSAdb2.0的设计源代码，了解了其使用的r包，探索了它的界面设置布局以及...
7月第四周（7.21-7.27）
一.本周工作总结 1.主要回顾梳理了一下IOBR的主要功能以及流程，简单分析了各个模块之间的关系，初步拟定了一下页面设置的框架(还没有功能），打算分为5个模块，初步设计的蛮丑，后续完善差不多慢慢再修改细节 2.回顾了之前学习shiny的书里的关于页面分面，图片，模块，函数等相关的内容 3.撰写了shiny学习的公众号推文 二.下一步计划 1.打算先按照框架来分步制作每一个模块，过程可能会有点慢（实习中） 2.继续学习实践shiny有关内容 3.学习shiny撰写公众号推文
9月第二周（9.8-9.14）
本周工作总结 1.了解了Bioconductor软件包所需遵循的理念、标准和技术要求 2.整理了shiny第七期关于输入控件的内容 下一步计划： 1.继续阅读并整理bioc包开发/发布的流程 2.查看IOBR包的问题并尝试进行修改
8月第一周（7.28-8.3）
本周工作总结 1.仔细阅读了IOBR第一个模块的内容：数据预处理。把之前做的部分（框架）重新整理了成为模块的组织结构，这样更有条理，后续维护应该方便一点，大概有了第一个板块的雏形，但是细节方面有的地方不对，暂时无法形成可视化界面，后续继续进行修正，感觉IOBR本身的给的功能比较乱（在我看来），有的分析步骤可以跳（选择性分析），但是我应该要把它整理成为一个流程性分析板块 2.继续学习实践了shiny学习网页上的内容，是反应式编程相关的内容，在实践的过程中，发现一些东西又忘记了，需要反复实践记忆 3.进行shiny第二...
8月第二周（8.4-8.10）
本周工作总结 1.主要是把之前预处理板块的细节修改了一下，尽量符合使用说明上的处理流程，把代码优化了一下，重复冗余的代码整理成函数，但是还没有对具体的数据进行测试 2.shiny第三期推文的阅读撰写 3.shiny实践网站学习了响应式部分内容 下一步计划： 1.对预处理板块的测试以及下一板块的背景梳理 2.继续shiny推文学习撰写 3.继续shiny实践网站的学习
8月第三周（8.11-8.17）
本周工作总结 1.主要是把预处理板块对具体的数据进行测试，但是没有成功，存在一些问题，比如包加载不成功，加载数据的那部分有点问题，阅读了梳理下一板块的特征评分部分的内容。看到后面的时候觉得前面的代码组织的还是不是很好，会存在冗余，打算再整理一下，把它分为最小可重复利用单位。 2.shiny第四期推文的阅读撰写，看这些内容也对学习实践shiny比较有帮助，尤其是模块化的思想 3.学习了解了撰写审稿意见的相关内容 下一步计划： 1.对预处理板块的修正改进以及下一板块的代码编写 2.继续shiny推文学习撰写 3.继续审...
8月第四周（8.18-8.24）
本周工作总结 1.主要是把预处理板块对具体的数据进行测试了，可以显示数据表和出图了，但还是存在一些细节上的问题，部分功能还未实现。（懂得了一些调试的技巧） 2.shiny第五期关于响应式编程推文的阅读撰写，加深了对响应式编程的理解 3.整理撰写了审稿意见 下一步计划： 1.对预处理板块的改进以及下一板块的代码编写 2.继续shiny推文学习撰写 3.继续审稿意见的学习并进行撰写
8月第五周（8.25-8.31）
本周工作总结 1.了解了Bioconductor软件包提交的要求以及Bioconductor软件包命名的规范等相关内容 2.整理了shiny第六期关于UI设计的内容 3.学习回顾了关于github操作的内容 下一步计划： 1.阅读逐步整理bioc包开发/发布的流程 2.查看IOBR包的问题并尝试进行修改
9月第四周（9.22-9.28）
本周工作总结 1.了解了Bioconductor软件包提交的基本流程 2.整理了shiny第八期关于输出显示的内容 下一步计划： 1.对bioc包开发/发布的流程进行实操 2.查看IOBR包的问题并尝试进行修改
10月第3周（10.13-10.19）
本周工作总结 1.把IOBR仓库克隆到本地，进一步了解了应该如何进行PR操作，将IOBR和已经提交到bioconductor上的R包进行对比，深入的熟悉了github上IOBR的不规范的地方，check出1 error ✖ | 7 warnings ✖ | 7 notes ✖并且发现了DESCRIPTION部分的不规范的地方，以及主要的问题出现在.R文件的规范完整性以及vignettes文件的内容的规范，并且缺少了tests,需要进一步补充 2.整理了shiny第十期关于响应式UI设计的内容 3.尝试理解回应IOB...
10月第4周（10.20-10.26）
本周工作总结 1.把IOBR仓库克隆到本地，整理解决思路，解决了部分文档注释不规范的问题和一些明显的错误，理解回应IOBR的issues的部分问题 2.整理了shiny第十一期关于高级UI设计的部分 3.了解了ImmunoFusion 工具的使用背景和流程 下一步计划： 1.检查.R文件代码中的命名空间问题和撰写testthat框架 2.回应IOBR相关的问题 3.整理ImmunoFusion 工具的流程图