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6月第二周6.9-6.15
6.9-6.15 这周学习了shiny的第22.23章,主要内容是一些保护 Shiny 应用的基础知识,精确测量和提升任何 Shiny 应用性能的工具。读了些文献,了解了一些IOBR肿瘤微环境的知识,期末周有点太忙了,等后面有时间了再多实践实践。
6月第三周6.16-6.22
这周学习了TME去卷积的原理和方法等内容,了解了TME去卷积相关函数的参数以及含义,读了些文献
6月第四周6.23-6.29
这周学习了IOBR签名评分和相关表型的部分,主要内容为签名估计,结合得分数据和表型数据,识别与生存相关的特征,聚焦目标特征的分析,生存分析及可视化,时效性 ROC 曲线,批次相关性分析等。读了20篇左右文献,开始初步尝试在IOBR的基础上构建shiny可视化界面。
7月第二周(7.7-7.13)
1.工作总结:这周主要完成了shiny学习网站上的学习和实践,主要是前五课:对之前基础shiny的应用和回顾,读到了之前没有接触到的很关键的一部分,就是如何加载 R 脚本、软件包和数据集来创建更复杂的 Shiny 应用程序,关系到如何把数据,r包里面的函数和shiny界面结合在一起,之前对这个部分比较疑惑,同时里面的练习也对我掌握shiny的编写有很大帮助,加深了我对一些细节的理解。读了10几篇文献。 2.下一步计划:继续shiny网站的学习和实践,阅读gpsadb设计的源码,同时尝试使用具体的函数编写shiny程...
7月第一周6.30-7.6
6.30-7.6 这周主要学习了TME相互作用分析相关的内容,看了20多篇文献,这周帮我妹妹研究高考报考的事情,以及回家之后有点怠惰,自己有点放松过头了,没怎么进行实践。下一步的计划还是以实践为主吧,学习怎么把shiny应用到IOBR的函数上面。
7月第三周(7.14-7.20)
一.本周工作总结: 1.学习实践了shiny学习网站的第二部分的前9个小节,主要内容是针对具体例子的界面输入和输出以及反应式表达式,通过练习实践具体的例子,更加熟练的掌握书写代码的规范表达以及相应的格式,发现了自己很多的细节注意不到,比如逗号,还有代码的具体位置可能会导致重复操作(必须使用反应式表达式),但是针对这些练习只是针对具体例子的某一方面,不能让我去理解体会整体的布局(例子里面是基于已有的数据和背景,而没有系统的流程) 阅读了GPSAdb2.0的设计源代码,了解了其使用的r包,探索了它的界面设置布局以及...
7月第四周(7.21-7.27)
一.本周工作总结 1.主要回顾梳理了一下IOBR的主要功能以及流程,简单分析了各个模块之间的关系,初步拟定了一下页面设置的框架(还没有功能),打算分为5个模块,初步设计的蛮丑,后续完善差不多慢慢再修改细节 2.回顾了之前学习shiny的书里的关于页面分面,图片,模块,函数等相关的内容 3.撰写了shiny学习的公众号推文 二.下一步计划 1.打算先按照框架来分步制作每一个模块,过程可能会有点慢(实习中) 2.继续学习实践shiny有关内容 3.学习shiny撰写公众号推文
8月第一周(7.28-8.3)
本周工作总结 1.仔细阅读了IOBR第一个模块的内容:数据预处理。把之前做的部分(框架)重新整理了成为模块的组织结构,这样更有条理,后续维护应该方便一点,大概有了第一个板块的雏形,但是细节方面有的地方不对,暂时无法形成可视化界面,后续继续进行修正,感觉IOBR本身的给的功能比较乱(在我看来),有的分析步骤可以跳(选择性分析),但是我应该要把它整理成为一个流程性分析板块 2.继续学习实践了shiny学习网页上的内容,是反应式编程相关的内容,在实践的过程中,发现一些东西又忘记了,需要反复实践记忆 3.进行shiny第二...
8月第二周(8.4-8.10)
本周工作总结 1.主要是把之前预处理板块的细节修改了一下,尽量符合使用说明上的处理流程,把代码优化了一下,重复冗余的代码整理成函数,但是还没有对具体的数据进行测试 2.shiny第三期推文的阅读撰写 3.shiny实践网站学习了响应式部分内容 下一步计划: 1.对预处理板块的测试以及下一板块的背景梳理 2.继续shiny推文学习撰写 3.继续shiny实践网站的学习
8月第三周(8.11-8.17)
本周工作总结 1.主要是把预处理板块对具体的数据进行测试,但是没有成功,存在一些问题,比如包加载不成功,加载数据的那部分有点问题,阅读了梳理下一板块的特征评分部分的内容。看到后面的时候觉得前面的代码组织的还是不是很好,会存在冗余,打算再整理一下,把它分为最小可重复利用单位。 2.shiny第四期推文的阅读撰写,看这些内容也对学习实践shiny比较有帮助,尤其是模块化的思想 3.学习了解了撰写审稿意见的相关内容 下一步计划: 1.对预处理板块的修正改进以及下一板块的代码编写 2.继续shiny推文学习撰写 3.继续审...
8月第四周(8.18-8.24)
本周工作总结 1.主要是把预处理板块对具体的数据进行测试了,可以显示数据表和出图了,但还是存在一些细节上的问题,部分功能还未实现。(懂得了一些调试的技巧) 2.shiny第五期关于响应式编程推文的阅读撰写,加深了对响应式编程的理解 3.整理撰写了审稿意见 下一步计划: 1.对预处理板块的改进以及下一板块的代码编写 2.继续shiny推文学习撰写 3.继续审稿意见的学习并进行撰写