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9月第3周(9.16-9.22)
1.放免入组病人-001 电子病例记录情况-用药、疗效评价、样本收集 2.样本收集情况:目前收集NSCLC 8名;sclc3名 3.送样情况 4.sclc随访数据更新:目前无销户信息的有39人,其中6人无末次活动时间;其余42人待确认 5.伦理及研究方案申报:其中2项要过学术审查,已整理pdf;2项需备案,填写中; 另外恩度灌注研究方案撰写中。 下周计划: 1.放免部分: 1)继续收集入组患者治疗及疗效信息 2)综述方向构思并汇报 3)下周实验室入室后,购买少量小鼠及相关细胞,进行建模。 2.sclc回...
9.15~9.21
本周所得: 学习刘小乐教授计算生物学Lab4 了解DNA队列信息,查看部分DNA队列的数据背景,粗略了解数据的来源 处理研究生入学琐事,上中特色和自然辩证法 下周计划: 学习刘计算生物学Chapter9和10 为新批准下载的数据集整理完善信息在表格中 上两门政治课,生物医学知识组织和肿瘤基础
9月第三周(15-21)
本周工作总结 本周主要阅读文献、、梳理论文框架内容并绘制相关机制图 下周工作计划 1、完成综述作图 2、办理实验室入室并继续做实验
9月第三周(15-21)
一、本周工作总结 1.实验室养细胞 2.学习PCR 3.完成综述RNA编辑与癌症、RNA编辑分子机制图; 4.研读并整理文献 二、下周工作计划 1.继续养细胞及学习PCR、RNA提取,其他实验学习推进 2.学习与试验相关的其他内容 3.继续读文献及整理文献 4.完成综述剩下的内容及完成综述所有画图
9月第四周(22-28)
本周工作总结 1、基本完成综述的作图 下周工作计划 1、继续综述撰写 2、准备文献汇报内容
9月第四周(9.22-9.28)
本周工作总结 1.了解了Bioconductor软件包提交的基本流程 2.整理了shiny第八期关于输出显示的内容 下一步计划: 1.对bioc包开发/发布的流程进行实操 2.查看IOBR包的问题并尝试进行修改
9月第四周(9.22-9.28)
一、本周工作总结 1.初步完成综述RNA编辑与癌症图片的修改; 2.初步完成RNA编辑分子机制图; 3.研读并整理文献 二、下周工作计划 1.学习PCR、RNA提取等实验 2.继续读文献及整理文献 3.完成综述剩下的内容及完成综述所有画图
9月第4周(9.23-9.29)
1.恩度相关 2.sclc数据 3.阿美贝伐和中国青年创新课题学术审查已送 下周计划: 1.SCLC下一步:1.针对这53人进一步确认疗效评价,是否有远隔效应,记录放疗前后SLD。 2.组学:FFPE样本 1)普通转录组:870/样,取样失败需承担取样费240/样(厚度在5-10um,组织面积大于25mm的切片12张) 2)WES:900/样((200x)20G)(厚度在 5-10um,含组织面积大于 25mm的切片6张) 3)单细胞flex: 样本要求是手术样本蜡块切片,穿刺组织细胞太少(一条大约5w细胞) ...
9.22~9.28
本周所得: 学习Chatper9&10 整理并统计DNA队列的具体信息 下周计划: 学习Chapter11和Lab5 写研究生创新项目申报书
10月第1周(10.9~10.12)
本周工作小结 1.SCLC 针对放免53名患者已确认疗效评价,并记录放疗前后SLD。 2.完成5个项目伦理申请资料书写并提交 下周计划: 1.llc细胞:先复苏细胞把细胞养起,再订购c57小鼠;用llc建模,建模成功后再看看其他细胞 2.确认SCLC放免有响应和无响应患者的病理标本所在 3.下周期末考试。
10月第二周(10.6-10.12)
本周工作小结 1.阅读文献及整理 2.完成综述部分内容 下周工作计划 1.继续阅读文献及整理文献 2.继续撰写综述
10月第三周(10.13-10.19)
本周工作小结 1.研读文献 2.撰写部分综述内容 下周工作计划 1.完成综述初稿 2.继续阅读文献
10月第2周(10.13~10.19)
1.sclc放免相关 目前有响应的患者共6名(病理标本2例在我院,2例在一附院,2例在外院) 无响应的患者共8名(病理标本2例在我院,2例在一附院,4例在外院) 2.课题组标本组学收集整理: 3.恩度相关:本周继续送检胸水,并整理是否完整(用药前后) 4.LLC细胞周日已传代,待稳定后再进行建模 下周计划: 1.确认sclc我院标本及一附院标本,可否拿到 2.确认课题组样本收集项目
10月第3周(10.13-10.19)
本周工作总结 1.把IOBR仓库克隆到本地,进一步了解了应该如何进行PR操作,将IOBR和已经提交到bioconductor上的R包进行对比,深入的熟悉了github上IOBR的不规范的地方,check出1 error ✖ | 7 warnings ✖ | 7 notes ✖并且发现了DESCRIPTION部分的不规范的地方,以及主要的问题出现在.R文件的规范完整性以及vignettes文件的内容的规范,并且缺少了tests,需要进一步补充 2.整理了shiny第十期关于响应式UI设计的内容 3.尝试理解回应IOB...
10月第三周(13-20)
本周工作总结 本周主要在期末考试 以及准备文献汇报 下周工作计划 继续撰写我的综述,尽量先完成出版
10.6~10.12
本周所得: 写研究生创新项目申报书 下周计划: 修改研究生创新项目申报书 学习Chapter11和Lab5
10.13~10.19
本周所得: 改进研究生创新申报项目书 整理群里与我有关的推文与文献 学习什么是工作流管理系统与容器化技术 下周计划: 将测序的相关知识整理成图文 继续学习了解工作流管理系统与容器化技术 学习Chapter11和Lab5
10月第四周(20-26)
本周工作总结 撰写综述,跟着师兄学习实验 下周工作计划 完成综述的初版,继续去实验室学习实验
10月第四周(10.20-10.26)
本周工作小结 1.完成综述初稿,图还没画完 2.准备辩论赛内容 3.看文献级学习科研相关方法 下周工作计划 1.修改调整最终版综述内容、图片及表格内容 2.继续学习实验相关方法与步骤 3.继续研读与本领域有关的文献并整理
10月第4周(10.20-10.26)
本周工作总结 1.把IOBR仓库克隆到本地,整理解决思路,解决了部分文档注释不规范的问题和一些明显的错误,理解回应IOBR的issues的部分问题 2.整理了shiny第十一期关于高级UI设计的部分 3.了解了ImmunoFusion 工具的使用背景和流程 下一步计划: 1.检查.R文件代码中的命名空间问题和撰写testthat框架 2.回应IOBR相关的问题 3.整理ImmunoFusion 工具的流程图