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7月第3周(14-20)
本周工作总结 1.参观了华大时空中心(校团委“三下乡”) 了解到了华大集团的业务板块: 业务板块: 华大基因:作为核心上市平台,提供基因检测、质谱检测、生物信息分析等服务,业务涵盖生育健康、肿瘤防控、传感染疾病防控、慢病管理等精准医学领域。在新冠疫情期间,华大基因的核酸检测服务成为全球疫情防控的重要力量。 华大智造:专注于生命科技核心工具研发,是全球少数能够自主研发并量产临床级基因测序仪的机构之一,产品涵盖从Gb级到Tb级低中高不同通量的全系列测序设备。华大智造也是全球唯一拥有激发光、自发光、不发光三种...
七月第一周7.1-7.7
一、工作总结:1、综述上完成所有文章收集后,开始对一篇篇文献进行阅读,首先从高影响因子尤其是综述入手,在阅读过程中对于自身框架进行补充和完善,再好的文章基础上进一步进行文献检索,完善文献管理。2、专业课考试上继续完成复习背诵任务,将于七月十日完成考试。 二、工作安排:1、在考试完成前继续对专业课程进行复习备考;2、在接下来时间通过重点关注文章摘要以及结论部分继续完成对于文献的分类以及框架的构建。
七月第二周7.8-7.14
一、工作总结 1、综述方面阅读小部分后暂时暂停综述推进,首先完成对于项目的申报工作;2、项目申报:通过对于项目内容以及指南的学习,在完成对于申报书框架构建之后开始对各个部分进行完善,但总体上来说因为不熟悉导致的效率过低,速度与结果的质量还需进一步改进。 二、工作安排 1、综述上进度减慢,以收集资料、进一步完善框架为目标进行接下来安排;2、项目申报上,熟悉项目以及攥写方式后保证完成的速度以及质量,完成申报的项目书部分。
7月第三周(14-20)
本周工作总结 1.培养细胞 2.进行综述框架调整 下周工作计划 1.看师兄做WB并学习相关原理 2.写文章内容的同时完善综述框架
7月第3周(14-20)
本周工作小结 1.sclc方向: 整理我们自己的收集的数据,整理我们自己的收集的数据,共560个病人,目前已随访近500,针对已随访且丢失的患者最大限度确认生存状态。 2.伦理申请:1)重庆一般项目,回顾性研究以及贝伐联合阿美伦理申请资料已完成;2)青年医学项目正在完善;3)新增子中心临床研究项目伦理完善中,因包含前瞻和回顾,确认后补充材料 3.放免-脑转移文章,张权正在修改第二版 下周工作计划:1.明确二附院sclc数据生存数据缺失部分,尽可能补救确认;2.提交5个项目伦理申请;3.文献阅读,周四汇报
7月第三周(7.14-7.20)
一.本周工作总结: 1.学习实践了shiny学习网站的第二部分的前9个小节,主要内容是针对具体例子的界面输入和输出以及反应式表达式,通过练习实践具体的例子,更加熟练的掌握书写代码的规范表达以及相应的格式,发现了自己很多的细节注意不到,比如逗号,还有代码的具体位置可能会导致重复操作(必须使用反应式表达式),但是针对这些练习只是针对具体例子的某一方面,不能让我去理解体会整体的布局(例子里面是基于已有的数据和背景,而没有系统的流程) 阅读了GPSAdb2.0的设计源代码,了解了其使用的r包,探索了它的界面设置布局以及...
7.14~7.20
本周所得: 快速阅读了The Unix WorkBench,了解了Bash环境下如何和计算机交互,了解了交互语言基本的组成,即commands,options,arguments。 继续学习刘小乐教授的对于计算生物学讲解的视频。 学会登陆服务器,将服务器中的数据上传到云盘上。 下周计划: 继续上课(liu) 数据上传云盘备份 学习如何维护网站
7.6~7.13
本周所得: 继续阅读博士毕业论文 学习刘小乐教授计算生物学和生物信息学stat115课程理论部分 下周计划: 和师姐交接DNA序列部分的工作 继续学习刘小乐教授计算生物学和生物信息学stat115课程理论部分 阅读bioinformatics data skills 学习全基因组测序和数据基础分析,找文章数据实践去做
7月第四周(21-27)
本周工作总结 1、学习RNA的提取方法 2、替周老师准备正高申报相关材料 下周工作计划 主要完善材料的扫描并上传到系统
7月第4周(21-28)
本周工作小结 1.sclc方向: 整理现有数据中,将放疗数据和免疫治疗数据详细整理;随访目前已完成一轮,针对既往拒绝、未接的电话进行再次随访确认中。 2.伦理申请:5个项目均已完成,待科研部老师审查中 3.针对空转样本收集:目前已收集2例患者组织并进行OCT包埋,并另取样放入冻存管中 下周工作计划:1.继续整理二附院sclc数据,并汇总生存数据缺失部分;2.提交5个项目伦理申请纸质版;3.针对空转和单细胞取样,确认取样和保存流程及条件,确认并购买耗材,对取样病人进行记录。
7.21~7.27
本周所得 在b站学习刘小乐教授的课程 阅读yanxing博士的毕业论文,了解其中的算法和统计学原理 阅读bioinformatics 下周计划 继续学习刘小乐教授的课程,做笔记记录 继续阅读yanxing博士的毕业论文 在云盘上备份下载的DNA数据
7月第四周(7.21-7.27)
一.本周工作总结 1.主要回顾梳理了一下IOBR的主要功能以及流程,简单分析了各个模块之间的关系,初步拟定了一下页面设置的框架(还没有功能),打算分为5个模块,初步设计的蛮丑,后续完善差不多慢慢再修改细节 2.回顾了之前学习shiny的书里的关于页面分面,图片,模块,函数等相关的内容 3.撰写了shiny学习的公众号推文 二.下一步计划 1.打算先按照框架来分步制作每一个模块,过程可能会有点慢(实习中) 2.继续学习实践shiny有关内容 3.学习shiny撰写公众号推文
8月第1周(28-3)
1.整理二附院sclc数据,汇总生存数据缺失部分; 2.目前已确认并整理各组学(空转、单细胞、RNA测序、DNA测序)组织和血液取样protocol。 下周工作计划 1.针对失访患者,补充末次门诊或住院时间,并再次想办法随访 2.学习基础实验 3.针对放免病人,记录入组患者的电子病例表格。
7.28~8.3
本周所得: 学习刘小乐教授的计算生物学课程部分第十四十五章节 阅读bioinformatics data skills 收集组内成员的方向/感兴趣的方向以及个人信息,优化网站 确认哪些DNA序列下载完毕 下周计划: 继续学习刘小乐教授的课程 完善课题组网站的建设 DNA数据备份到云盘上
6月第四周(6.23.6.29)
本周工作小结 1、阅读相关文献,确定综述标题; 2、整理了十多篇文献 下周工作计划 1、继续阅读相关文献 2、确定综述框架
8月第一周(7.28-8.3)
本周工作总结 1.仔细阅读了IOBR第一个模块的内容:数据预处理。把之前做的部分(框架)重新整理了成为模块的组织结构,这样更有条理,后续维护应该方便一点,大概有了第一个板块的雏形,但是细节方面有的地方不对,暂时无法形成可视化界面,后续继续进行修正,感觉IOBR本身的给的功能比较乱(在我看来),有的分析步骤可以跳(选择性分析),但是我应该要把它整理成为一个流程性分析板块 2.继续学习实践了shiny学习网页上的内容,是反应式编程相关的内容,在实践的过程中,发现一些东西又忘记了,需要反复实践记忆 3.进行shiny第二...
7月第一周(6.30-7.6)
本周工作小结 1、看了相关科研视频 2、整理了10多篇文献 3、初步确定综述框架 4、精读了几篇文献 下周工作计划 1、确定综述框架 2、继续精读文献 3、继续整理文献
7月第二周(7.7-7.13)
本周工作小结 1、整理了二十多篇文献; 2、确定综述框架并修改 下周工作计划 1、综述框架最终确定 2、继续精读文献及整理文献
7月第三周(7.14-7.20)
本周工作小结 1、确定了综述大纲 2、整理并阅读了十多篇文献 3、学习了部分科研相关工具的使用及视频 下周工作计划 1、开始攥写综述 2、继续学习科研工具及视频 3、继续阅读文献及整理文献
7月第四周(7.21-7.27)
本周工作小结 1、正在撰写综述 2、整理并阅读相关文献 3、学习并安装R语言 下周工作计划 1、继续写综述 2、继续阅读文献及整理 3、继续学习科研工具及视频